Данный курс не претендует на полное описание всего материала в рамках данной предметной области. Его цель - познакомить людей, котрые не являются профессиональными программистами, с основами параллельного программирования и современными вычислительными архитектурами. Данный курс призван дать толчек тем, кто работает на стыке биологии/генетики и информатики, с тем, чтобы они могли заново посмотреть на свои программы, алгоритмы и увидеть возможности использования мощных вычислительных ресурсов для решения своих задач.

Слайды лекций

• Введение. Параллельные программы как расширение последовательных. (Слайды в pdf - eng) (Слайды в pdf - rus) (Текст в pdf)
• Знакомство с OpenMP (Слайды в pdf - eng) (Слайды в pdf - rus) (Текст в pdf)
• Введение в POSIX Threads (Слайды в pdf - eng) (Слайды в pdf - rus) (Примечания в pdf)
• Введение в MPI (Слайды в pdf - rus) (Текст в pdf)
• Отладка MPI программ (Слайды в pdf - rus) (Примечания в pdf)
• Введение в CUDA (Слайды в pdf - rus) (Текст в pdf)
• Профилирование приложений (Слайды в pdf - rus) (Примечания в pdf)
• Оптимизация программ (Слайды в pdf - eng) (Слайды в pdf - rus) (Текст в pdf)

Задания

• OpenMP
  1. Подсчет частоты встречаемости символов в строках
  2. Фильтрация изображений
• POSIX Threads
  1. Подсчет частоты встречаемости символов в строках
  2. Фильтрация изображений
• MPI
  1. Пересылка данных в топологии кольцо
  2. Балансировка нагрузки в модели Master-Slave
  3. Конструирование и передача собственных типов данных
  4. Фильтрация изображений
  5. Перемножение матрицы на вектор
• CUDA
  1. Поэлементное перемножение двух массивов
  2. Фильтрация изображений (глобальная память)
  3. Фильтрация изображений (разделяемая память)
  4. Фильтрация изображений (текстуры)
  5. Подсчет частоты встречаемости символов в строках
  6. Фильтрация изображений на нескольких GPU