Параллельные вычисления

С 2000 года областью моего исследования стали высокопроизводительные системы. Этой теме были посвящены магистерский диплом и кандидатская диссертация.

Тема кандидатской диссертации - "Методы отладки параллельных программ на мультикомпьютере (алгоритмы реализации и разработка отладчика)". Автореферат

Тема магистерского диплома - "Кластерные технологии в молекулярной биологии и генетике. Исследование и применение". Аннотация

В рамках работы над магистерской дипломной работой и кандидатской диссертацией в качестве докладчика принимал участие в конференциях различного уровня и школах-семинарах: "Молодежная научно-практическая студенческая конференция "Студент и научно технический прогресс" (Новосибирск, 2001), Международная конференция "Телематика" (Санкт-Петербург, 2001), Всероссийская конференция "Телематика" (Санкт-Петербург, 2003), школа-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах" (Нижний Новгород, 2002, 2003), школа-семинар "Высокопроизводительные вычисления на кластерах" (Красноярск, 2001, 2002).

В рамках этого направления хотелось бы отметить следующие результаты:

• Для привлечения новых пользователей на кластер НГУ и помощи пользователям уже работающим на вычислительном комплексе было создано а сайта. В виду прекращения финансирования эти сайты не поддерживаются в полной мере.

• Перенесено на кластер более десятка программ (томография, генетика, ...), выполнена их оптимизация.

• Разработан прототип отладчика параллельных программ, ориентированый на отладку поведения. Далее...

• При создании кластера было необходимо обеспечить гибкое конфигурирование вычислительного комплекса. В результате анализа литературы было решено на первом этапе реализовать загрузку узлов кластера по сети с размещением корневой файловой системой (RFS) на управляющем узле. Чтобы не держать много копий RFS, которые отличаются только парой файлов было решено использовать ClusterNFS (перевод).

  Позже корневая файловая система была перенесена на RAM диск узла.

• По результатам настройки кластера была начата статья, в которой описан опыт загрузке компьютеров по сети на примере кластера НГУ. Надеюсь в ближайшее время дописать текст.

• В рамках работы по созданию отладчика параллельных программ были проведены ряд тестов, в ходе которых проявились некоторые особенности реализации функций передачи данных. Здесь приводится описание тестов, полученные данные и их интерпретация. Тесты проводились на реализациях MPI mpich версии 1.2.1 и LAM 6.5. Далее...